Broad GDAC Firehose—TCGA数据分析中心
Broad GDAC Firehose的简单说明
Broad GDAC对TCGA的结果进行了整理和深入分析，相关的原始数据和分析结果可以通过网页的方式进行查看和下载，
网址如下：http://gdac.broadinstitute.org/
点击Cases可以查看对应的样本信息，点击Data可以下载对应的结果文件，点击Browse可以通过FireBowse查看分析结果。
以Adrenocortical carcinoma为例，在左侧的下拉框中选择对应的疾病，然后在右侧会看到如下所示的柱状图：
每个柱子代表了该疾病不同组学的数据，点击柱子可以下载对应的数据，左侧是详细的分析结果。
1. Clinical Analyses
提供了临床数据与拷贝数，甲基化， mRNA/miRNA表达谱， 突变信息，蛋白质表达谱等多种数据的相关性分析。
2. CopyNumber Analyses
提供了基于拷贝数的聚类，以及拷贝数与临床数据，mRNA表达谱的相关性等分析。
3. Correlations Analyses
提供了各种数据间的相关性分析。
4. Methylation Analyses
提供了基于甲基化数据的聚类，以及甲基化与临床数据，mRNA表达谱数据的相关性分析。
5. miRseq Analyses
提供了基于miRNA表达谱数据的聚类，以及miRNA靶基因预测， miRNA与临床数据的相关性等分析。
6. mRNA Analyses
提供了mRNA芯片表达谱数据与甲基化数据的相关性分析，以及GSEA基因集富集分析。
7. mRNAseq Analyses
提供了基于mRNA测序表达谱的聚类，mRNA表达谱数据与拷贝数，临床数据的相关性分析，以及miRNA与mRNA相互作用网络等分析。
8. Mutation Analyses
提供了突变信息与临床数据的相关性分析等分析内容。
9. Pathway Analyses
提供了mRNA表达谱的GSEA等分析内容。
10. RPPA Analyses
提供了基于蛋白质芯片数据的聚类，以及蛋白表达谱与临床数据的相关性分析。
- 发表于 2021-09-30 15:55
- 阅读 ( 5129 )
