利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

高通量测序会得到很多SNP，如何利用这些SNP是一项非常重要的工作；尤其在搜集筛选一些种质资源的时候，我们往往希望用最少的SNP区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting，这在实际科研生产中是非常有用的、实用的，今天我给大家分享一款软件—SNPT，它可以帮助您从万千SNP变异中筛选出您最想得到的SNP组合，用于指纹图谱的构建。

软件介绍

SNPT下载地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt这个软件可以做的分析：

Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);
Calculate allele frequencies;
Find informative SNPs;
Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);
Find the set(s) of minimum SNPs;
Output MST data file in mega and interleaved mega format.

输入的文件格式如下：列之间用tab分隔，第一行为SNP在基因组上的位置信息；从第二行开始，第一列为样品名称，后面为对应SNP。

Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319
ARK0000038 G C C G G A G T
ARK0000056 G C C G G A G T
ARK0000062 G C C G G A G T
ARK0000066 G C C G G A G T
ARK0000069 G C T G G A G T
...

软件使用

下载软件，软件无需安装，解压即可使用。

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