cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用
cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用
一、cytoHubba插件
1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序挖掘关键基因(hub gene)和子网络
- cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法，包括:
- Degree
- Edge Percolated component
- Maximum neighborhood component
- Density of Maximum Neighborhood Component
- Maximal Clique Centrality
- six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)
- cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法，包括:
2.插件下载与安装
在cytoscape App Store（链接：Cytoscape App Store）中搜索cytoHubba插件，进行download
点击Apps-App Manager，点击install from file
找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了
3.cytoHubba插件使用
打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba
1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面
2、选target network择待分析的网络
3、点击calculate
4、点击Top，可根据自身课题需要，调整提取关键基因的数量
5、下方Closeness可下拉选择计算方法
6、Particular nodes：选择感兴趣的基因进行分析（一般是对整个网络分析的话，此项可以忽略）
5、点击左下方：显示最短的路径；显示出hub gene连接到的第一个节点；显示出最长的子网络）
6、右边的列表就显示关键基因的排名：颜色越深，证明分数越高，越显著
- 发表于 2021-10-22 11:06
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- 分类：软件工具
