sankey_plot.r绘制桑基图
绘制桑基图（冲击图）
使用方法:
usage: script/sankey_plot.r [-h] -i input -g group [group ...] -c color
[-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width]
Sankey plot drawing
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i input, --input input
input the matrix [required]
-g group [group ...], --group group [group ...]
input column names of three groups [required]
-c color, --color color
column to fill color [required]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
-p prefix, --prefix prefix
out file name prefix [default result]
-H height, --height height
the height of pic inches [default 5]
-W width, --width width
the width of pic inches [default 5]
参数说明：
-i 包含具有对应关系的数据
| Immune_Subtype | m6acluster | group |
| C1 | C2 | high |
| C2 | C1 | low |
-g 输入所要绘制桑基图的三列数据的列名
-c 决定分流所填充颜色的列名
使用举例：
Rscript script/sankey_plot.r -i /share/nas1/fangs/test/m6A/TCGA-KIRC/06.m6a_score/metadata_group.tsv -g m6acluster Immune_Subtype group -c m6acluster -p demo
结果展示：
- 发表于 2021-10-29 15:54
- 阅读 ( 1986 )
- 分类：R
