metascape数据库
metascape数据库富集分析
介绍：生物信息学研究中，获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间（2010-2016）没有维护数据库，最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库，以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。
metascape：https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
step1：粘贴基因列表或者是上传基因文件
step2：设置物种
Step3：点Express Analysis
默认的Express Analysis会把许多个数据库的信号通路混一起，出现各种冗余。比如说默认把Reactome、KEGG、Hallmark和GO数据库全部一起展示，但是一般我们科研绘图时会分别展示GO一张图，以及KEGG一张图。
因此我们会在custome Analysis里面的enrichment选项中，从下至上，选择GO相关的数据库，然后勾选pick selective，然后点击enrichment analysis
- 发表于 2021-11-05 15:09
- 阅读 ( 6676 )
- 分类：软件工具
