11月8日见刊（IF=4.5）水稻U-box E3基因家族分析文献解析
今天我给大家带来一篇11月8日刚刚在线发表的水稻U-box E3家族的文章，发表在International Journal of Molecular Sciences期刊上，影响因子IF=4.556，我们就一起看看这篇文章都写了哪些内容，希望对您的思路有所帮助。
U-box E3 Ubiquitin Ligase简介
泛素蛋白酶体途径是己知的所有真核生物体内具有高度选择性的最为重要的蛋白质降解途径。真核细胞中泛素化修饰后的靶蛋白可能被降解、可能被转移到细胞或细胞外的特定部位，也有可能导致靶蛋白的功能发生变化，这主要取决于靶蛋白所加的泛素链的结构，以及泛素链的长短。泛素连接酶E3决定靶蛋白的特异性识别，能够将泛素分子连接到靶蛋白的某个赖氨酸上，在泛素途径中具有重要的作用。
文章结果内容
1. 水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）染色体分布
2008年li-rong-zheng等已经报道了在水稻中鉴定的77个U-box E3泛素连接酶基因（OsPUBs），但基因家族分析内容涉及不是太多，详见原文：https://www.cell.com/molecular-plant/pdf/S1674-2052(14)60357-9.pdf。
所以作者直接使用上述论文中已鉴定好的77个OsPUBs基因信息，绘制染色体分布图：
2. 水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）进化及基因结构分析
作者使用ClustalW做了多序列比对，并根据蛋白全长序列进一步构建进化树，并根据拟南芥该家族基因分组信息分组，将如下图。
77个OsPUBs基因结构如下图：
77个OsPUBs Motif分析，如下图：
3. 水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）在生物及非生物胁迫下的表达模式分析
为了阐明水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）在干旱（非生物）和真菌侵染（生物）胁迫下的表达模式变化，作者分别作者转录组实验。
两种胁迫下水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）表达模式变化如下表：
4. 水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）顺式作用元件分析
明确了水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）在胁迫下的表达模式变化，作者进一步分析了OsPUBs基因上游顺式作用元件，以期阐释OsPUBs基因的表达的调控机制，并选择了18类元件在5种作物（水稻、玉米、大麦、小麦、马铃薯）中进行的详细比较，如下图：
5. 水稻中U-box E3泛素连接酶（OsPUBs）在生物及非生物胁迫下的表达的qRT-PCR验证
作者从77个OsPUBs基因中选择16个基因，用qRT-PCR方法验证了在干旱和真菌侵染下的表达模式变化，如下图：
总结
以上就是该篇文章全部结果内容，无非还是基因家族分析的内容，但是该文章在其他人已经报道过该家族基因的情况下，又发了一篇，真是硬核！有胆识！不过也从侧面反映了基因家族分析类文章在审稿人的眼中认可度是真高啊！
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- 发表于 2022-01-19 22:02
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- 分类：文献解读
