更多脚本参数设置及说明

初次使用脚本时，可以通过-h参数获得以下帮助信息。

Rscript $scriptdir/corr.r -h
usage: /share/work/fangs/scripts/tcga/corr.r [-h] -l lnc_data -g gene_data
                                             [-m method] [--filter] [-e exp]
                                             [-n num] [-o outdir] [-p prefix]

corr_plot

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -l lnc_data, --lnc_data lnc_data
                        input data file path[required]
  -g gene_data, --gene_data gene_data
                        input data file path[required]
  -m method, --method method
                        input the type of method that calculates the
                        correlation[optional,default pearson]
  --filter              Whether to filter low expression
                        genes[optional,default:False]
  -e exp, --exp exp     Minimum gene expression during
                        filtration[optional,default:1]
  -n num, --num num     The number of samples that meet the gene expression
                        level during filtration,A value of 2 means that at
                        least half of the samples meet the criteria,and so
                        on[optional,default:2]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory[optional,default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix[optional,default specified-
                        gene_lncRNAs]

Rscript $scriptdir/corrplot_select.r -h
usage: /share/work/fangs/scripts/tcga/corrplot_select.r [-h] -p P_DATA -r
                                                        R_DATA [-P P_VALUE]
                                                        [-R R_VALUE]
                                                        [--corrplot] [--add_r]
                                                        [-t TYPE] [-d ORDER]
                                                        [--Rdata] [-H HEIGHT]
                                                        [-W WIDTH] [-o OUTDIR]
                                                        [-f PREFIX]

Ferroptosis-Related lncRNAs

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -p P_DATA, --p_data P_DATA
                        input data file path[required]
  -r R_DATA, --r_data R_DATA
                        input data file path[required]
  -P P_VALUE, --P_value P_VALUE
                        P value of correlation[optional,default 0.05]
  -R R_VALUE, --R_value R_VALUE
                        the correlation coefficient[optional,default 0.3]
  --corrplot            Whether to draw a correlation heat
                        map[optional,default:False]
  --add_r               Whether to show correlation coefficients in the
                        graph[optional,default:False]
  -t TYPE, --type TYPE  Specifies the presentation style, which can be
                        'full','lower' or 'upper'[optional,default upper]
  -d ORDER, --order ORDER
                        Specify how correlation coefficients are arranged,
                        which can be 'AOE','FPC' or 'hclust'[optional,default
                        AOE]
  --Rdata               Whether to output filtered correlation coefficient
                        matrix[optional,default:False]
  -H HEIGHT, --height HEIGHT
                        the height of dumbbell plot[optional,default 8]
  -W WIDTH, --width WIDTH
                        the width of dumbbell plot[optional,default 8]
  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR
                        output file directory[optional,default cwd]
  -f PREFIX, --prefix PREFIX
                        out file name prefix[optional,default fer_lnc]

--filter 当输入文件为基因表达量时，指定是否过滤低表达的基因，在命令中添加该参数即为要进行过滤；

-e 指定过滤时基因在样本中所要达到的最低表达量，默认为1；

-n 默认为2，当-e、-n参数都为默认值时，即筛选至少有一半样本表达大于1的基因，-n指定为3，即筛选至少有三分之一样本表达大于1的基因，以此类推。

第二个脚本corrplot_select.r：

-P 指定筛选结果时显著性p值的阈值，默认为0.05；

-R 指定筛选结果时相关系数r的阈值，默认为0.3；

--corrplot 指定是否绘制相关性热图，在命令中添加该参数即为要进行绘制；

--add_r 指定是否在绘制的相关性热图中显示相关系数r；

-t 指定热图展示的形状，默认为上三角形；

-d 指定热图中相关系数r的排列方式，默认为AOE；

--Rdata 指定是否输出筛选后的相关系数r值结果，在命令中添加该参数即为输出。

其他参数说明

-H 指定输出图片的高度，默认高为6英寸；

-W 指定输出图片的宽度，默认宽为8英寸；

-o 指定结果输出的路径，默认为当前路径；

-p 指定输出文件名字的前缀。

脚本获取方法

为了方便感兴趣的学员小伙伴想复现这个分析内容，我把数据和代码一并打包，免费供大家使用学习。只需要如下几步，即可获得下载链接。

1、关注生信博士公众号；

2、转发本文章至朋友圈，并截图；

3、在公众号菜单栏回复朋友圈截图和corr即可获得下载链接。

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