NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据
国际上著名的综合生物数据库有三个，分别为NCBI，ENA，DDBJ ，高通量测序的数据往往会提交到这些数据库，下面分别介绍一下：
NCBI|Genbank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ；NCBI是由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）开发并负责维护，隶属于美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。
ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；欧洲核苷酸序列数据库（European Nucleotide Archive），由欧洲分子生物学研究室（European Molecular Biology Laboratory，EMBL）开发并维护。
DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html；DDBJ是日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan），由日本国立遗传学研究所（National Institute of Geneics, NIG）开发并负责维护。
重要的是，以上三个数据库共同组成了国际核酸序列数据库合作联盟（International Nucleotide Sequence Database Collaboration，INSDC）。即这个数据库的信息可以相互交换，同步更新，共享。因此我们，下载高通量测序的数据都可以在这三个数据库中去查找，据我了解ENA的数据下载速度最快，最近NCBI的数据和亚马逊云合作下载速度也非常快。下面介绍一下下载方法：
NCBI中测序数据下载
打开ncbi官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov），点击搜索project号 PRJEB19900。
点击"22"，项目有22个样本:
再随机点击一个
之后点击，All run，就可以看到这个project下所有样本的数据；
来到所有样本的数据信息页面，点击想要下载的数据：
来到数据下载页面：
两种数据类型下载：
说明：data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载，之后用 SRA Toolkit 中的fastq-dump 工具转换成fastq格式；另外，也提供直接下载fastq格式入口；
ENA中测序数据下载
打开网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；同样搜索这个project号；
选择其中一个：
这里就可以直接下载fastq数据了：
迅雷下载速度测试：
- 发表于 2022-08-15 09:49
- 阅读 ( 5162 )
- 分类：其他
