blast包含核酸序列比对，蛋白序列比对等。
主要有两个步骤：
建库 （makeblastdb）
比对 （blast）
blastall的常用参数
-p：执行的程序名称
-d：检索的数据库名称
i：要查询(要研究的物种序列)的序列文件名(Query File)，fasta格式
-e(数学)：期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10，意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠
-o：查询结果输出文件名
-m：比对结果显示格式选项，缺省值为0，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。
I：在描述行中显示gi号I/F，缺省值F
-v：单行描述 (one-line description） 的最大数目，缺省值500
-b：显示的比对结果的最大数目，缺省值250
-F：对于要查询的序列做低复杂度区域(ow complexity regions, LCR)的过滤I/F1，缺省值T。对blastn用的是DUST程序，其他比对用的是SEG程序。
所谓"低复杂度区域〞是指某些或一些残基过多表现，短周期重复等。对于高等哺乳动物的基因组序列，可以先用RepeatMask程序遮蔽重复元件。在输出结果中，对于高等哺乳动物的基因序列，可以先使用RepeatMask程序遮蔽重复元件。在输出结果中，对
LCR区的序列核酸用“N” 代替，蛋白质序列用 “X” 代替。
-a：运行BLAST程序所使用的处理器的数目，缺省值1
-S：在数据库中搜索时所使用的核酸链 (strand），只对blastn、 blastx和tblastx有效；1表示top，2表示bottom，3表示both；缺省值3
-T：产生HTML格式的输出I/F]，缺省值F
-n：使用MegaBlast搜索（T/F]，缺省值F
-G：打开一个gap的罚分 （0表示使用缺省设置值），默认0
-E：扩展一个gap的罚分 （0表示使用缺省设置值），默认O
-q: 个核酸碱基的错配(mismatch)的罚分 （只对blastn有效），缺省值-3
-r：一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分 （只对blastn有效），缺省值1
-M：所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM62
命令举例：
blastall -p blastn -i U00096.ffn -d ecoli -o U00096 Vs ecoli blastn.out -e 1e-5 -m 0
blastall -p blasto -i U00096 faa -d mr -o U00096 Vs NR blastp.htm -e 0.01 -b 1 -V 1 -T T
blastall -p blastx -i uo0ogG.ffn -d nr -o Uo0o96 Vs NR blastx.htm-e 1e-5 -b 1-v1(特别是准备做blast2g0分析的时候，格式要xml， 最好加上-b、-V参数，要不然时间运行非常长
