blast+在Linux的用法
下面简要介绍一下BLAST+的使用：
建库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname -title dbtitle -logfile filename
参数说明:
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-parse_seqids：解析序列标识（建议加上）
-out：数据库名
-title：数据库名（略）
-logfile：日志文件，默认输出到屏幕
更多参数 makeblastdb -help
蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
参数说明:
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
-num_threads：线程数
附：Blast结果m8格式意义
进行Blast比对，用参数-m 8可以以列表的方式输出结果，结果中从左到右每一列的意义分别是：
[1] Query id [1]查询ID (所研究物种的ID)
[2] Subject id [2] 参考基因组的ID
[3] % identity [3] 表示相同匹配的 百分比
[4] alignment length [4] 序列对齐长度
[5] mismatches [5] 错配数量
[6] gap openings [6] 缺口
[7] q. start [7] 和查询序列开始对齐位置
[8] q. end [8] 和查询序列结束对齐位置
[9] s. start [9] 和参考基因序列开始对齐位置
[10] s. end [10] 和参考基因序列结束对齐位置
[11] e-value [11] 期望值
[12] bit score [12] bit分数
核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）
与上面的blastp用法类似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
