关于CodeML分析中Branch-Site模型假设
branch-site models 类似于branch model和site model的合集，主要假设基因的不同位点间（site）和系统发育树的不同分支间（branch）的ω值均是变化的，目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的...
branch-site models 类似于branch model和site model的合集，主要假设基因的不同位点间（site）和系统发育树的不同分支间（branch）的ω值均是变化的，目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的影响。
1.branch-site model 下的四种模型：
（1）Model A (Model=2, NSites=2, ncatG=ignored)
（2）Model B (Model=2, NSites=3, ncatG=ignored)
（3）Model C (Model=3, NSites=2, ncatG=ignored)
（4）Model D (Model=3, NSites=3, ncatG=2 or 3)
2.选择model A模型，系统发育树被预先分为前景枝和背景枝。在model A分析时会假设存在四种类型位点（site class）:
（1）class 0：在整个系统发育树中为负选择（negative selection）的密码子，前景枝和背景枝dN/dS估算值为：0<ω0<1
（2）class 1：在整个系统发育树中为中性进化（neutral selection）的密码子，前景枝和背景枝dN/dS估算值为：ω1=1
（3）class 2a：在背景枝上负选择（dN/dS估算值为：0<ω0<1），在前景枝受正选择（dN/dS估算值:ω2>1）的密码子
（4）class 2b：在背景枝上中性进化（dN/dS估算值为，ω1=1），在前景枝受正选择（dN/dS估算值:ω2>1）的密码子
如图：
（1）mosel A（备择假设） 通常与null model（fix-omega=1,omega=1）（零假设）进行比较，df=1；
model A还可以与site model 中的M1a进行显著性水平比较；
（2）mosel B 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较，df=2；
（3）mosel C 通常与site model 中的M1a进行显著性水平比较，df=3；
（4）mosel D 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较，若树文件为无根树，df=1，若树文件为有根树，df=2；
- 发表于 2022-10-10 17:12
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- 分类：软件工具
