fastq文件查看指定序列

在处理fastq文件时,可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题,这时候软件会报告哪条序列有问题,并给出序列ID,然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是,fastq文件通常是很大的,使用less命令可能很难搜索到

在处理fastq文件时,可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题,这时候软件会报告哪条序列有问题,并给出序列ID,然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是,fastq文件通常是很大的,使用less命令可能很难搜索到,这时候我们可以用到下面的命令来查看。

zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt &

其中zcat可以查看fastq压缩文件,grep 匹配序列ID,参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

  • 发表于 2018-06-08 11:48
  • 阅读 ( 7536 )
  • 分类:linux

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

351 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章