绘制生存曲线图
生存曲线图的绘制
在单因素生存分析完成之后，可以绘制一个单因素的生存曲线图。
# 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下：
bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4
1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057
2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823
3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 3.63052
4 TCGA-BI-A0VS 925 0 3.877719 19.38859
5 TCGA-BI-A20A 72 0 16.789319 12.21041
6 TCGA-C5-A0TN 348 1 7.835572 28.73043
# 针对显著性的基因绘制生成曲线
my.surv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)
# 循环遍历显著的基因
for(gene in names(log_rank_p) ){
values <- exprSet[,gene]
# 基于基因的表达量，分成两个组别
group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low')
kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=exprSet)
summary(kmfit2)
ggsurvplot(kmfit2, conf.int=T, pval=TRUE, title=gene)
ggsave(paste(gene,'_survival.pdf', sep = ""),width = 10,height = 5)
}
绘制完的图如下：
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《GSEA富集分析》
- 发表于 2018-06-08 18:17
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- 分类：TCGA
