duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目
duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序，用于基因分类，统计全基因组不同类型复制事件的数目。
命令行格式：
$duplicate_gene_classifier Dl
Dl是物种缩写，是Dl.blast文件。在运...
duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序，用于基因分类，统计全基因组不同类型复制事件的数目。
命令行格式：
$duplicate_gene_classifier Dl
Dl是物种缩写。在运行duplicate_gene_classifier程序时需要去掉文件后缀名。
准备原始文件1：Dl.blast文件；是全基因组蛋白质序列比对结果，如下图。
Dl.blast是BLAST比对结果，具体格式如下：
2：Dl.gff文件；是全基因组基因ID对应转录本的位置信息，如下图。染色体\t基因\t起始位点\t终止位点
命令运行屏幕会输出每种基因类型对应的数量，同时在当前目录下会生成一个.gene_type的文件，里面记录了每一个基因对应的重复类型：
在.gene_type结果文件中，第一列是基因组基因，第二列为重复基因的类型：
0：singleton(非重复基因）；
1：dispersed（不属于2，3，4的其它重复）；
2：proximal（染色体附近的重复，但是不相邻）；
3：tandem（串联重复）；
4：WED/segmental（在共线性区域的共线性基因）。
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- 发表于 2022-11-16 14:00
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- 分类：软件工具
