注释基因组文件 contig.gff 或者 scaffold.gff to chromosome gff
python3 -m jcvi.formats.chain fromagp genome.final.agp contig.fa genome.fa
得到:genome.final.chain 再用 liftover转换:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped
The arguments are:
或者用
CrossMap.py gff genome.final.chain contig.gff genome.gff
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