uniref50 数据库下载及格式化

uniref50 数据库下载及格式化

#wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz

wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz

#wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz

#gunzip *gz


#wget https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz

#tar zxvf taxdump.tar.gz

perl split_taxid_uniref.pl division.dmp nodes.dmp uniref90.fasta.gz ./




for i in PLN MAM INV PHG PRI ROD SYN UNA VRL VRT ENV BCT ;do

diamond makedb --in ${i}_uniref90.fa -d  ${i}_uniref90.fa

done


  • 发表于 2022-11-29 10:42
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