根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白,CDS,CDNA序列

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder



TransDecoder    https://github.com/TransDecoder/TransDecoder 软件提供该脚本:

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa
/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3 --fasta ../genome.fa  --seqType CDS >cds.fa
/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3  --fasta  ../genome.fa --seqType prot >pep.fa


  • 发表于 2022-12-28 11:52
  • 阅读 ( 2517 )
  • 分类:基因组学

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

698 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章