使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗？

由于人类基因组当中有确定可靠的indel位置信息，所以在以前，人类中Call SNP的时候都会用到IndelRealigner，但是最近GATK官网说明如果用最新的HaplotypeCaller or MuTect2 Call SNP的时候就不必再用这种方法处理bam文件，链接地址及说明如下：
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_indels_IndelRealigner.php

对于普通的物种没有可靠的INDEL数据库，小编觉得也可以不用做IndelRealigner处理bam文件。

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发表于 2018-06-15 11:15
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分类：重测序

使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗？

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