motif分析及meme的各项参数
motif分析及meme的各项参数
分析motif可能会遇到的问题
1.分析过后有些基因没有找到motif，此时需要调整meme参数重新查找一下:
举例：第一次输入的命令为：
meme protein.fa -protein oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 200
计算的结果发现某些基因没有查到motif的结果，此时我们需要修改输入的命令
（修改的原因：根据第一次分析的motif结果进行修改参数，举例；第一次分析结果，某些基因没有找到motif，可能是motif的氨基酸长度较长，因此可以调节搜索的上限值，同时也可以调节查找的motif数量值，这样可能会更容易查找）
即在Linux输入的命令如下：
meme protein.fa -protein oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 20 -minw 6 -maxw 300
为什么要这样修改以及各项参数所代表的含义：
meme：名为memed的程序
protein.fa ：查询的序列蛋白质文件
-protein： 输入的是蛋白文件，因此为 —protein
-oc ./ ：输出到当前目录
-time 18000：meme搜索序列的时间是18000s，时间设置的长一些是为了让meme反复搜，以致于可以找到序列
-maxsize 6000000：指定输入文件的大小
- mod anr ：模型选择anr即可
nmotifs 15 ：在搜素的序列当中一共搜素的motif个数
-minw 6：搜素motif长度范围，最小有6个氨基酸
-maxw 200 ：搜素motif长度范围，最大有200个氨基酸
更改的参数：
-nmotifs 10 →20
-maxw 200 →300
meme的各项参数:
- 发表于 2023-01-09 15:14
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- 分类：软件工具
