R包可以存放在不同的仓库(repository)里，最常见的repo包括CRAN, github，以及生物er必需的Bioconductor。

    CRAN，官方包CRAN，通常国内选择镜像，方法自行百度。

    Bioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。

    Github，大部分CRAN和Bioconductor都是托管在Github上的，一般不太稳定。

可以直接在谷歌或必应搜索该包名字，即可看到是哪种R包。

一、对于一般的R包，从CRAN安装

1.直接安装

install.packages("package name")
或
install.packages(c("slidify", "tidyverse", "devtools") )      #一次安装多个包

• 安装前建议更改镜像地址，若使用Rstudio，直接在Tools--global options--Packages里选择即可。

getOption("repo")    #查看当前镜像。
installed.packages()   #查看已安装包
install.packages("packageName")    

2.找到R包下载地址后安装

url <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"
install.packages(url,repos = NULL,type = "source")

3.R包下载到本地后安装

download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") 
install.packages("rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL)

4.命令行安装

在shell的终端
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz

在CRAN中检索R包：https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

二、对于Bioconductor的包（使用BiocManager安装）

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("package name", version = "3.2")    #version可以不加，用双冒号起到临时加载包，而不用library()，同时可以指定使用某包中的函数。

注意：有时候可根据回显添加force = TRUE

• 三、从github安装

• 
  
• 从GitHub上安装R包也有两种方法：

• 1.用devtools的install_github()函数安装。这种方法必须提供包名和对应的GitHub仓库名。

remotes::install_github("ropensci/rotl")     #github仓库名/包名

2.用githubinstall包安装

install.packages("githubinstall")
library("githubinstall")
install_github('packageName')

本地安装：git clone 之后

devtools::install_local("./SPATA2")

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/466258819

           https://www.jianshu.com/p/1017b57f8d79

           https://www.jianshu.com/p/0733946efae9