部分软件使用vcf时,需要vcf文件是排序过的。可以使用Tassel软件的run_pipeline.pl来排序。
命令如下:
run_pipeline.pl -Xmx20g -Xms1G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile snp.vcf -outputFile snp.sort.vcf -fileType VCF
以上命令即可对vcf文件就行排序。
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