对vcf文件排序

对vcf文件排序

部分软件使用vcf时，需要vcf文件是排序过的。可以使用Tassel软件的run_pipeline.pl来排序。

命令如下：

run_pipeline.pl -Xmx20g -Xms1G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile snp.vcf -outputFile snp.sort.vcf -fileType VCF


以上命令即可对vcf文件就行排序。


  • 发表于 2023-02-13 14:56
  • 阅读 ( 2588 )
  • 分类：软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

347 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 80 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章

安生水

如果觉得我的文章对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！