大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及两个IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过IRscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比，从而对该科/属的叶绿体的结构有一个更加宏观的认知。

一、获取工具

irscope是一个在线工具，网址为：https://irscope.shinyapps.io/irapp/

但是在线工具很不稳定，会经常会出现进网站很慢，或者运行时总是出错的情况，比如这样

所以我们可以利用R语言将irscope本地化，生成本地网站，运行就不会卡了。

二、利用R语言将IRscope本地化

所需软件：R及Rstudio，网上有很多详细的安装教程，在此就不赘述了。

可能由于网站更新等缘故，本地化过程稍有不同，此记录为2023年2月进行IRscope本地化的过程。

1.下载IRscope源代码

首先进入github：https://github.com/AmiryousefiLab/IRscope

点击code → Download ZIP，即可下载原代码，为方便大家下载，我把获取到的代码压缩包放在这里了→ IRscope-main.zip

下载解压后，目录下有两个文件，IRscopeV0.1.R 是我们接下来要用到的文件。

2.使用Rstudio进行IRscope本地化

打开Rstudio，点击File→Open File，打开IRscopeV0.1.R文件

如果之前没有安装过随需要的安装包，需要先进行安装，有两种方法：一是Rstudio会自动识别我们没有安装的包，直接点击图中的Install，会自动安装；二是使用安装命令自己安装，命令为install.packages("包的名字")，例如install.packages("seqinr")。

如果不知道自己是否安装了对应的安装包，可以将光标置于library+对应安装包处，按ctrl+enter检查是否有该安装包

点击run app，下面开始运行

会出现以下报错信息

在以下几行变量前输入“#”注释掉，第2891行的doog变量，第2902-2903行的pic1和pic2，第2926行的data（具体行数可能稍有偏差，找到正确的变量即可）

运行结束后弹出IRscope界面，就可以开始使用啦~

如果弹出页面是灰色的，点击Open in  Browser即可在浏览器中打开

出现IRscope界面就可以使用了

三、irscope的使用

以本地化软件为例，展示该软件的使用

点击files upload

上传文件有两种方式。一是输入accession number，IRscope会自动在ncbi上下载对应物种的文件；二是自己直接上传目标物种的gb文件，一次最多上传10个。

第一种方法速度特别慢，总是报错，建议大家直接自行上传gb文件。

ssc选项是可以将ssc区反向，适用于组装时将ssc区方向反了的，一般不选。

点击Browse，上传gb文件

此处使用了文献中的7个杓兰属的物种的gb文件，文献链接为： https://doi.org/10.3389/fpls.2022.911702

点击submit提交

耐心等待，这时候Rstudio会显示进度，上传了几条序列，就会提示几次“Stopping cluster”，直到所有gb文件运行完。

回到网站，出现这样一行字提示之后，就可以下载了，这时候点击download

下载后打开文件就可以得到这样的图啦

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1gV411k7Bs/?from=search&seid=5741158078848451253&spm_id_from=333.337.0.0&vd_source=ccfe6b6e7b1b5b1a790a358d48c6d36e

           https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/122869720