TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later 排查

 在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时,有时候会出现“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的错误。

attachments-2018-07-dZllNGnz5b3b25577752c.jpg

这个错误一般不会出现,除非GDC的网站有问题,检测方法有两种:

1.  在R中运行如下命令:

> GenomicDataCommons::status()

Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : 
  SSL certificate problem: Invalid certificate chain

从返回的信息看,是由于GDC网站的证书有问题。

2. 直接访问GDC的API站点,查看状态信息

    站点地址:https://gdc-api.nci.nih.gov/status/  

遇到这样的问题,只能采用GDC的页面和数据下载工具 进行数据下载。

解决方案:

安装最新版本的TCGAbiolinks 即可:

# 先安装devtools包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")


如果你对TCGA数据挖掘有兴趣的话,可以学习我们的TCGA相关课程。

TCGA-基因差异表达分析

TCGA-生存分析

TCGA-转录因子调控

TCGA-ceRNA调控网络分析

  • 发表于 2018-06-20 09:47
  • 阅读 ( 13214 )
  • 分类:TCGA

0 条评论

请先 登录 后评论
microRNA
microRNA

115 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章