vcftools可以对vcf文件做滑窗处理,并给出每个窗口内变异位点数量和多态性pi值。具体方法如下:
vcftools --gzvcf raw.filtered.snp.vcf.gz --window-pi 125 --window-pi-step 5
--window-pi 指定窗口大小, --window-pi-step 指定步长大小
结果文件格式如下:
351 篇文章
如果觉得我的文章对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!