使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

vcftools可以对vcf文件做滑窗处理,并给出每个窗口内变异位点数量和多态性pi值。具体方法如下:

vcftools --gzvcf raw.filtered.snp.vcf.gz --window-pi 125 --window-pi-step 5

--window-pi 指定窗口大小, --window-pi-step 指定步长大小

结果文件格式如下:


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  • 发表于 2023-04-26 10:13
  • 阅读 ( 1504 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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