系统聚类Hierarchical clustering(层次聚类、谱系聚类)
— 最短距离法(single linkage)
— 最长距离法 (complete linkage)
— 中间距离法 (median method)
— 可变距离法 (flexible median)
— 重心法 (centroid)
— 类平均法 (average)
— 可变类平均法 (flexible average)
— Ward 最小方差法 (Ward's minimum variance)
在生信行业中,经常会利用到上述聚类方法,对生物数据进行聚类分析,例如R 中常见的相关聚类函数的应用:hclust()参数method:
"single" 最短距离法
"complete" 最长距离法
"median" 中间距离法(=WPGMC)
"average" 类平均法(=UPGMA)
"centroid" 重心法(=UPGMC)
"ward" 离差平方和
"Mcquitty" 相似分析法 (=WPGMA)
需要注意,实际不同语言或不同函数具体的层次聚类方法或有差异,需多加探索。
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