位点频谱SFS (site frequency spectrum)，用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具，它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。
easySFS是非常方便的工具，可以将VCF文件转换成各种格式的SFS文件，可以用于其他软件的分析。
输入文件有两个，一个是VCF文件，另外一个是VCF文件中样本的分类文件。
sample1 pop1
sample2 pop1
sample3 pop2
sample4 pop2
他的使用一般有两步，第一步是运行preview，确定每个群体向下投影的值。
easySFS.py -i file.vcf -p pop.txt --preview > proj_flag
proj_flag文件的主要内容如下：
Pop1
(2, 45.0) (3, 59.0) (4, 58.0) (5, 49.0) (6, 41.0) (7, 35.0) (8, 27.0) (9, 20.0) (10, 13.0) (11, 8.0) (12, 8.0) (13, 5.0) (14, 2.0) (15, 2.0) (16, 1.0)
pop2
(2, 68.0) (3, 96.0) (4, 106.0) (5, 110.0) (6, 108.0) (7, 89.0) (8, 76.0) (9, 66.0) (10, 56.0) (11, 49.0) (12, 42.0) (13, 39.0) (14, 34.0) (15, 29.0) (16, 27.0) (17, 26.0) (18, 24.0) (19, 23.0) (20, 21.0) (21, 22.0) (22, 20.0) (23, 19.0) (24, 16.0) (25, 16.0) (26, 15.0) (27, 15.0) (28, 13.0) (29, 13.0) (30, 14.0) (31, 14.0) (32, 14.0) (33, 13.0) (34, 12.0) (35, 9.0) (36, 9.0) (37, 8.0) (38, 8.0) (39, 8.0) (40, 6.0) (41, 6.0) (42, 6.0) (43, 5.0) (44, 5.0) (45, 5.0) (46, 4.0) (47, 4.0) (48, 4.0) (49, 3.0) (50, 3.0) (51, 3.0) (52, 3.0) (53, 3.0) (54, 3.0) (55, 2.0) (56, 2.0) (57, 2.0) (58, 2.0) (59, 2.0) (60, 2.0) (61, 2.0) (62, 0.0) (63, 0.0) (64, 0.0) (65, 0.0) (66, 0.0) (67, 0.0) (68, 0.0) (69, 0.0) (70, 0.0) (71, 0.0) (72, 0.0) (73, 0.0) (74, 0.0) (75, 0.0) (76, 0.0)
每个群体有多组(n, m)，其中n是projection，m是每个projection预测的的分离位点的数量。在每个群体中选择最大的m对应的n作为第二步中 --proj 的输入列表。
第二步转换：
easySFS.py -i file.vcf -p pop.txt -a --proj=3,5 -o easySFS/
结果文件：
├── dadi
│ ├── pop1-3.sfs
│ ├── pop1-pop2.sfs
│ └── pop2-5.sfs
├── datadict.txt
└── fastsimcoal2
├── file_jointMAFpop0_1.obs
├── pop1_MAFpop0.obs
└── pop2_MAFpop0.obs
接下来就可以选择软件dadi或者fastsimcoal2去进行下一步分析了
参考：
1. GitHub - isaacovercast/easySFS: Effective selection of population size projection for construction of the site frequency spectrum. Convert VCF to dadi/fastsimcoal style SFS for demographic analysis
2. 位点频谱(SFS)计算 - 简书 (jianshu.com)
