jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化
如何使用jcvi通过调整相关文件参数展示局部共线性情况
使用jcvi进行局部区域(感兴趣基因)共线性绘图需要准备三个文件：
- 记录各物种基因位置信息的bed文件
- 包含感兴趣基因同源区块信息的block文件
- 包含绘图参数的layout.csv文件
bed文件格式：(各列对应信息如下)
block文件格式：每一列为各物种的同源基因ID(最佳匹配，通过compara 参数--iter=1指定)，点表示该同源基因在物种中没有被注释到，可以通过该文件指定感兴趣基因的线条颜色，如图中红圈所示
layout.csv文件格式：上半部分指定了track的各种信息，edges中制定了绘制的物种共线性关系，如图中e，0，2指定了绘制block文件中第一列和第三列物种的共线性关系
运行代码：
python -m jcvi.graphics.synteny blocks bed layout.csv
效果图如下：
参考：
https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/127425032
- 发表于 2023-08-15 18:06
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- 分类：基因组学
