一、blastn使用

1. 建库

makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl

2. 进行序列比对

blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6

-db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列

-query:用来查询的输入序列，fasta格式

-out：输出结果文件

-evalue: 设置e值cutoff，e值越小，相似度越高

-outfmt format：设置输出格式， 6是tab格式，7是有注释行的tab格式

还有其他的参数

-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数

-num_threads：线程数，指定多少个cpu运行任务

等等

另一种情况，序列本身进行比对，也就是序列自己和自己比，可以发现内部的一些重复

blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6

二、blast结果

1. 比对结果输出

query_id    refer_id    identity    alignment_length    mismatches    gap_openings    q.start    q.end    s.start    s.end    e-value    bit_score
BA000030.4    CP023202.1    78.25    1209    226    26    15813    17004    7017078    7018266    0    741
BA000030.4    CP016438.1    75.15    4363    967    102    26097    30398    6410499    6414805    0    1943
BA000030.4    CP023692.1    71.89    3163    704    141    26098    29169    4386693    4389761    0    745
BA000030.4    CP033073.1    76.29    3108    642    77    26105    29169    2959523    2956468    0    1568
BA000030.4    CP060828.1    74.8    2936    661    63    26157    29058    5940668    5937778    0    1249
BA000030.4    CP016279.1    76.88    3032    631    63    26168    29170    9144413    9147403    0    1652
BA000030.4    CP034539.1    73.95    2349    521    77    26241    28542    2852251    2849947    0    863
BA000030.4    CP033073.1    84.84    2164    307    16    29270    31427    3675813    3677961    0    2159

2. 结果详解

总共对应12列结果，每一列的含义如下：

query id：查询序列ID标识;

refer id：参考序列ID标识;

identity (%)：序列比对的一致性百分比;

alignment length：符合比对的比对区域的长度;

mismatches：比对区域的错配数;

gap openings：比对区域的gap数目;

q.start：比对区域在查询序列(query id)上的起始位点;

q.end：比对区域在查询序列(query id)上的终止位点;

s.start：比对区域在参考序列(refer id)上的起始位点;

s.end：比对区域在参考序列(refer id)上的终止位点;

e-value：比对结果的期望值，将比对序列随机打乱重新组合，和数据库进行比对，如果功能越保守，则该值越低；

bit score：比对结果的bit score值;

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参考：https://blog.csdn.net/hac_kill_you/article/details/125961236