I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement)
1. 简介:
I-TASSER是一个集成平台，用于预测蛋白质的三维结构和功能。它使用多个方法，如模板匹配、折叠识别和自由建模，来预测蛋白质结...
I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement)
1. 简介:
I-TASSER是一个集成平台，用于预测蛋白质的三维结构和功能。它使用多个方法，如模板匹配、折叠识别和自由建模，来预测蛋白质结构。
2. 原理:
I-TASSER使用以下步骤来预测蛋白质结构：
线程: I-TASSER首先使用线程技术搜索已知蛋白质结构的数据库，找到与目标蛋白质序列相似的模板。这一步是基于蛋白质结构更为保守的原理。
结构装配: 使用模板匹配的片段构建蛋白质的初步三维结构。
模拟退火精化: 为了优化蛋白质的三维结构，I-TASSER使用模拟退火算法进行能量最小化。
结构聚类: 最后，I-TASSER生成的多个结构会进行聚类，以确定最可能的蛋白质结构。
3. 用法:
用户只需提交蛋白质的氨基酸序列，I-TASSER将自动进行预测并返回预测的蛋白质结构。此外，I-TASSER还可以提供蛋白质功能预测，如结合位点、酶活性位点等。
4. 优点:
- 适用于没有已知模板结构的蛋白质，这使得I-TASSER特别适用于那些传统模板匹配方法无法预测的蛋白质。
- 在多次评估中，I-TASSER被证明是最准确的自由建模方法之一。
Zhang, Y. I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics 9, 40 (2008). https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-40
