使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

NCBI自带的Batch Entrez工具可以根据基因/蛋白id在数据库中批量检索和下载基因/蛋白序列,首先进入网站:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

attachments-2023-11-CBs0WEO46541e53a0be07.png准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下:

attachments-2023-11-CCArxEpT6541e5a68e658.png点击选择文件,选择ID.txt文本文件,database类型选择Protein(如果下载的是基因序列选择Nucleotide):

attachments-2023-11-x9hPqpRH6541e61f50b19.png
点击Retrieve,进入如下页面:

attachments-2023-11-MMvMQkXZ6541e663cad6c.png

点击Retrieve records for XX UID(s),进入搜索结果页面,点击send to,选择输出为fasta格式文件,下载:

attachments-2023-11-ZLtWYtsi6541e6be8bd99.png

这样我们就获得了想要下载的全部蛋白序列:

attachments-2023-11-wcYo9HmW6541e723d74b6.png

  • 发表于 2023-11-01 13:53
  • 阅读 ( 8690 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
每天学习一点点
每天学习一点点

48 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 80 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章