ggtree绘图lable显示不全如何调整
解决ggtree绘图lable显示不全的问题
ggtree是R语言中一个强大的系统发育树可视化及注释软件包，可以读取多种格式（包括newick，nexus，NHX，jplace和phylip）的系统发育树文件并进行绘图。
当使用ggtree绘图出现lable显示不全的情况：
p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+
geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1))
可以通过调整绘图的x轴范围，使得lable信息不超出边界：
p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+
geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1))+
xlim(NA,23)#调节x轴范围
重新绘图：
分枝的标签信息就可以看到了。
此外，如果觉得标签信息和枝的距离太近，可以通过offset参数进行调整：
p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+
geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1))+
xlim(NA,23)+geom_tiplab(offset=1)
- 发表于 2023-11-16 14:47
- 阅读 ( 936 )
- 分类：R
