circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数: <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r...

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。

想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数:

<link>  #全基因组共线性
    bezier_radius=0r
    bezier_radius_purity=0.75
    crest=0.5
    ribbon=yes
    file=./genome.blocklink.txt   #输入文件
    radius=0.98r
    <rules>
        <rule>
            condition  = var(intrachr)
            show = no    #通过设置 来关闭染色体内连接的显示。
        </rule>
        <rule>    #这条rule将Chr0和Chr7之间的所有连接都设置成蓝色
            condition= between(Chr0,Chr7)
            color= blue
            flow= continue    #这个参数表示rule设置未完成,将继续其他染色体的rule设置
        </rule>        
        <rule>    #这条rule将Chr0和Chr9之间的所有连接都设置成红色
            condition= between(Chr0,Chr9)
            color= red             flow= continue         </rule>         <rule>    #这条rule将Chr0和Chr8之间的所有连接都设置成黄色             condition= between(Chr0,Chr8)
            color=yellow             flow= continue         </rule>     </rules> thickness=1 z=15 </link>

得到的结果如图:

attachments-2023-11-KHhQUFyR655d77cb0b757.png染色体之间连线link的的设置也是如此,修改连线中的rule即可。

关于circos软件中的颜色选择,可以参考该文章:https://www.omicsclass.com/article/830

  • 发表于 2023-11-22 11:41
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  • 分类:软件工具

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