MarkDuplicates 过程中报错：Value was put into PairInfoMap more than once
RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理，包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来，取出N错误碱基，在去重（MarkDup）过程中出现报错：
是由于fq文件中出现了两次...
RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理，包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来，取出N错误碱基，在去重（MarkDup）过程中出现报错：
是由于fq文件中出现了两次这个reads，在 双端测序的1.fq 和2.fq 文件，发现了两次相同的reads。
采用下面的方法解决：
1. 过滤
samtools view -f 0x2 原始bam文件 -o 过滤后bam文件
采用过滤后的bam继续做markdup就没有问题了
2. 按照reads name排序
sambamba sort -t 线程 -n 原始bam -o 过滤后的bam
附：
1. samtools flag查询网站：Explain SAM Flags (broadinstitute.github.io)
2. 关于该报错，作者的回复：SAMException: Value was put into PairInfoMap more than once – GATK (broadinstitute.org)
- 发表于 2023-12-08 14:33
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