在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下:
ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf
但如果遇到只有一个样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行:
ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 1 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf
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