差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。
首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...
转录组分析时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？
第一：样品的处理，在取样时样品的处理很重要，处理之间（或者表型差异比较大）对差异基因的数量影响很大。
第二：生物学重复之间的相关性（也就是重复性），生物学重复之间的相关性越高，样品间的相似性就越高，组内的差异小于组间，差异分析结果就会更准确。
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发表于 2018-06-28 16:33
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- 分类：转录组
