有时候我们从文章中获取到的结构变异结果是bed格式,如下:
而这种格式不便于进行后续的合并、注释等操作,这时候可以使用SURVIVOR软件的文件格式转换功能
./SURVIVOR #软件网址——https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR/
一般情况下,SURVIVOR支持多种结构变异软件/类型分析结果的格式互换,比如我们可以通过“bedtovcf”将bed文件转换成vcf格式:
./SURVIVOR bedtovcf file.bed DEL file.del.vcf #参数“DEL”指定了输入的结构变异类型,可选的有,INS,DEL,BND,INV,DUP几种类型
生成的VCF文件:
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