SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换(bedtovcf)

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

有时候我们从文章中获取到的结构变异结果是bed格式,如下:

attachments-2023-12-RkeTy9zU658a9a69bcef6.png


而这种格式不便于进行后续的合并、注释等操作,这时候可以使用SURVIVOR软件的文件格式转换功能

attachments-2023-12-YHnAiLEc658a9cfe82df4.png

./SURVIVOR #软件网址——https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR/

attachments-2023-12-vvT4FXbA658a9b1e2da0b.png


一般情况下,SURVIVOR支持多种结构变异软件/类型分析结果的格式互换,比如我们可以通过“bedtovcf”将bed文件转换成vcf格式:

./SURVIVOR bedtovcf file.bed DEL file.del.vcf #参数“DEL”指定了输入的结构变异类型,可选的有,INS,DEL,BND,INV,DUP几种类型


生成的VCF文件:

attachments-2023-12-yTZejD3O658a9c42c1175.png

  • 发表于 2023-12-26 17:31
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  • 分类:软件工具

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