blast 中的e-value值如何理解？
对e-value值的by chance 进行解释
最近在使用blast进行序列检索的时候，有两个比较重要的评价标准，即Max score和e-value：
score值很好理解，即根据不同的打分矩阵，对序列间的匹配程度进行打分，得分矩阵比如PAM和BLOSUM（氨基酸）：
e-value值的概念看起来就相对的比较模糊了，官方的定义是e-value：the number of hits you expect to see by chance/false positive .
对于定义里面的“by chance”，也就是随机情况下指的是什么意思不是很了解，随后查阅了一下文献，是这样解释的：
by chance means：
①real but non-homologous sequences
②real sequences that are shfflued to preserve compositional properties
③sequences that are generated randomly based on a DNA or protein sequence model
也就是说要求匹配到的序列之间具有生物学意义上的联系，即具有同源性。
- 发表于 2024-01-23 16:32
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