GO富集分析统计表中差异基因数量不一致
GO富集分析统计表中差异基因数量不一致
在转录组差异基因分析中GO富集分析这一步，有两个表格统计的差异基因数量不一致，如下图所示：
A_vs_B.GO_ann.stat.xls文件：
A_vs_B_GO_enrich.xls
同是extracellular region，差异基因的数量却不相同，这是由于两个表统计的方法不太一致：
A_vs_B_GO_enrich.xls文件统计时，会在A_vs_B.GO.list.txt文件中统计注释到的该GO节点的差异基因。
而A_vs_B.GO_ann.stat.xls文件统计时会将extracellular region这一级下所有GO节点一同统计。因此差异基因会比A_vs_B_GO_enrich.xls中单独统计一个GO节点的基因多。
- 发表于 2024-03-04 11:29
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- 分类：转录组
