bcftools建索引报错：Chromosome blocks not continuous
bcftools建索引时报错“染色体区段不连续”
bcftools建索引时报错了（Chromosome blocks not continuous）：
此时并不知道报错内容中所指的“染色体区段不连续”是什么问题
查看vcf文件前几行：
发现VCF文件似乎排序有问题，于是提取了前几行建索引：
zcat filter2.vcf.gz|head -n 100 >filter6.vcf.gz bcftools index -t filter6.vcf.gz
结果也是成功的：
怀疑报错所说的“染色体区段不连续”是指：①染色体没有根据顺序进行排列，②部分变异位点没有根据在染色体上的位置进行排序，所以对VCF文件进行排序(尝试使用bcftools、picard和tassel排序，发现bcftools较快)：
nohup bcftools sort test.vcf.gz -o test.sort.vcf &
报错问题解决。
- 发表于 2024-03-04 11:46
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- 分类：重测序
