R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题,相关解决方法:
1、memory.size()查看当前work space内存使用状况(MB)
2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限
> memory.size()
[1] 94.2
> memory.limit()
[1] 8081
3、ls() 查看当前work space的变量
4、利用object.size()查看前一步返回结果中涉及的变量所占内存
> ls()
[1] "aa" "age" "bb" "diabetes" "expression" "geneID" "n" "patientData"
[9] "patientID" "sample1" "sample2" "sample3" "status"
> object.size(geneID)
88 bytes
5、rm()删除一些不需要的变量(使用gc()进行Garbage collection)
> rm(geneID)
> rm(patientData)
> rm(patientID)
> rm(age)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 999611 53.4 1770749 94.6 1442291 77.1
Vcells 1996363 15.3 3142662 24.0 2550980 19.5
6、memory.limit(Limit),如果提高内存使用上限
> memory.limit(100000)
[1] 1e+05
> memory.limit()
[1] 1e+05
>
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