R处理大数据时内存out of memory的问题

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题,相关解决方法: 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况(MB) 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题,相关解决方法:

1、memory.size()查看当前work space内存使用状况(MB)

2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限

memory.size()
[1] 94.2
memory.limit()
[1] 8081


3、ls() 查看当前work space的变量

4、利用object.size()查看前一步返回结果中涉及的变量所占内存

> ls()
 [1"aa"          "age"         "bb"          "diabetes"    "expression"  "geneID"      "n"           "patientData"
 [9"patientID"   "sample1"     "sample2"     "sample3"     "status"     
object.size(geneID)
88 bytes


5、rm()删除一些不需要的变量(使用gc()进行Garbage collection

rm(geneID)
rm(patientData)
rm(patientID)
rm(age)
gc()
          used (Mbgc trigger (Mbmax used (Mb)
Ncells  999611 53.4    1770749 94.6  1442291 77.1
Vcells 1996363 15.3    3142662 24.0  2550980 19.5


6、memory.limit(Limit),如果提高内存使用上限

memory.limit(100000)
[1] 1e+05
memory.limit()
[1] 1e+05






  • 发表于 2018-06-29 13:16
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  • 分类:R

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Daitoue
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