遗传图构建-SNP标记分型
遗传图构建-SNP标记分型
构建遗传图谱我们需要对我们群体的每个样本的每个标记做分型，不同的遗传图构建软件，对于标记的分型数据记录是不一样的的；
例如用的最多的joinmap软件基因型编码如下：
这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型：
SSR标记分型
我们利用SSR标记扩增之后跑胶，就可以根据父母条带与子代条带分布，利用上表规则给子代分型了，其中aa代表与父本相同且纯合；bb代表与母本相同且纯合，ab表示杂合基因型；也有这样记录的:a代表与父本相同且纯合；b代表与母本相同且纯合，h表示杂合基因型；也有这样记录的:A代表与父本相同且纯合；B代表与母本相同且纯合，H表示杂合基因型；下图为一个SSR标记的分型结果：
SNP标记分型
对于高通量测序的SNP数据我们该如何根据父母本的SNP信息对子代进行分型呢；这里我们看一下下图，其中P1为杂合亲本，另一个亲本P2为纯合亲本；由于P2为纯合亲本交换我们观察不到（下图a），我们把亲本P2的基因型编码为aa；相应的P1亲本的基因型用a或者b代替（下图b）；之后子代的标记基因型就可以用ab表示（下图c）；注意：我们这个示例不像上面的SSR用的是单个标记多个体，这里的SNP是单个体多个SNP；
- 发表于 2024-04-17 09:07
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- 分类：遗传图
