在使用MEGAN软件绘制分类学树状图时，如果物种较少，生成的图片会有大片的黑色区域，很不美观。那怎样去除呢，请看下面脚本：

脚本运行命令：

python /share/work/wangq/script/work/png_black.py -i /share/nas1/fanyc/project/zx-20171030-47_21_ITS/2/ITS_3/4.Analysis_output/Taxa_summary/MEGAN_tree/Taxonomic_tree
Usage:
  Options: 
     -i <str>  分类学树状图 png图片所在目录,也是输出目录（目录最后不要带"/"）
    程序检索目录下所有png文件并处理，输出图片会覆盖原来的图片

处理前图片展示

结果图展示

脚本代码：

import numpy
import sys, os, argparse, os.path,re,math
from PIL import Image
import matplotlib.pyplot as plt
##############################################
parser = argparse.ArgumentParser(description='This script is used to an error_bar')
parser.add_argument('-i','--in_dir',help='Please input  in_dir directory path',required=True)
args = parser.parse_args()
pathDir =  os.listdir(args.in_dir)
for allDir in pathDir:
    if (re.search(r'png$',allDir)):
        child = os.path.join('%s/%s' % (args.in_dir, allDir))
        img = Image.open(child) # Imgur's naming scheme
        pix = numpy.array(img)        # Convert to array
        black = numpy.array([0,0,0])
        white = numpy.array([255,255,255])
        black1 = numpy.array([0,0,0,255])
        white1 = numpy.array([255,255,255,255])
       #print pix
        
        print pix[1,1]
        pix2 = pix.copy()
        dim  = pix.shape
        #print pix[1,:]==black
        
        if (dim[2] == 3):
            for n in xrange(dim[0]):    
                if (pix[n,:]==black).all(): 
                    pix2[n,:,numpy.newaxis] = white
                    continue
                if ((pix[n,:]==black).sum()>=2.7*dim[1]):    
                    x = 0    
                    for m in xrange(dim[1]):
                        if (pix[n,m,:]==black).all():
                            x = x+1    
                    if (x >= dim[1]*0.9):
                        pix2[n,:,numpy.newaxis] = white
                            
#             for n in xrange(dim[1]):        
#                 if (pix[:,n]==black).all(): 
#                     pix2[:,n,numpy.newaxis] = white    
                    
                    
                    
        if (dim[2] == 4):
            for n in xrange(dim[0]):
                if (pix[n,:]==black1).all(): 
                    pix2[n,:,numpy.newaxis] = white1 
                    continue
                if ((pix[n,:]==black1).sum()>=3.7*dim[1]):    
                    x = 0    
                    for m in xrange(dim[1]):
                        if (pix[n,m,:]==black1).all():
                            x = x+1    
                    if (x >= dim[1]*0.9):
                        pix2[n,:,numpy.newaxis] = white1               
                
#             for n in xrange(dim[1]):    
#                 if (pix[:,n]==black1).all(): 
#                     pix2[:,n,numpy.newaxis] = white1
                
        fig = plt.figure()
        ax = fig.add_axes([0.0, 0.0, 1.0, 1.0], frameon=False, aspect=1)
    
        ax.imshow(pix2)
        ax.set_xticks([])
        ax.set_yticks([])
        plt.savefig(child,dpi=600)
        plt.close()
#.all()   .all()