对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？
我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包
我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包，比如人类的：
有一些物种的注释包是能够下载到的，Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些模式物种的GO及KEGG注释信息：
然而水稻的注释包在Bioconductor是下载不到的，有两种解决办法：
一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, 但是这些包是用ENTREZID，需要先将RAP-DB或者MSU转为ENTREZID才行，但是在AnnotationHub中进行检索，发现同样找不到水稻的注释库文件，可以使用AnnotationForge自行进行构建，过程较为繁琐，因此在这里我们先不予考虑，第二种方法是下载别人构建好的水稻注释包，通过查找发现了别人构建好的一个水稻注释包资源，可以直接在github上下载，地址：
https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db
install.packages("https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz", repos = NULL, type="source")
下载不了的可以直接下载压缩包手动安装。
wget -c https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz
R CMD INSTALL org.Osativa.eg.db.tar.gz
#直接加载使用就可以
library(org.Osativa.eg.db)
org <-org.Osativa.eg.db
比如进行GO富集：
ego <- enrichGO(rap_id,
OrgDb = org,
keyType = "RAP",
ont="BP")
包的作者的GitHub页面：https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db
- 发表于 2024-07-05 14:39
- 阅读 ( 1013 )
- 分类：R
