给进化树标定化石时间
进化树（Phylogenetic Tree）是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中，每个分支点（节点）代表一个共同祖先，而每个末端的分支（叶节点）代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间，即在进化树上标注时间点，为进化树提供了一个时间框架，便于超度量树的构建
1. 化石时间哪里找？
TIMETREE这个网站收录了很多人研究的，包括化石和其他分子证据等等，以及推断出来的某两个物种的分化时间。所以我们一般使用这个网站去了解物种分化的化石时间。
网站地址：https://timetree.org/home
网站可以进行两个物种/大类分化时间的查找、单个物种演化历程查找，也可以投入多个物种查询不同物种之间的分化时间。以单子叶和双子叶的查询结果为例子展示该网站的结果。
① 一个中位时间和矫正之后的时间，都是160百万年，这里还给了个范围，就是142.1-163.5百万年，自己标定的话在这个时间范围内都可以
② 黑点表示的是前人的研究，大部分人的研究都集中在120百万年到213百万年之间
③ 表示的是地质年代，有白垩纪、侏罗纪等等
④ 陨石撞地球，陨石越大圈圈越大
⑤气候条件，黄色是氧气浓度，橙色是二氧化碳浓度。红色是光照条件
2. 树文件的nwk文本格式
通常我们看到的进化树可能就是分枝图形式的，其实也可以储存为特定格式的文本文件。最常见的是nwk格式的树文件，他采用一些括号、逗号、冒号等等和一些枝的名字来记录树的信息。不同的枝之间用逗号“,”分隔；枝长紧跟在枝后面，采用冒号“:”分隔；同一cloud采用括号“()”组成整体。
3. 如何把化石时间加入到树文件当中？
在想标定的节点后面以单引号加上时间范围。需要注意的是，如果后续需要使用mcmctree进行超度量树的构建，由于mcmctree的单位是100个百万年，所以需要把查询到的N Mya除以100。
通常时间范围会是查询的矫正时间±0.4个100百万年，比如我查询到的可可和拟南芥的分化时间是117 Mya，那就写作'>1.13<1.21'，也可以写作'@1.17'。
原进化树：
(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana)),(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));
标定后进化树：
(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana))'>1.13<1.21',(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));
- 发表于 2024-07-10 17:43
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- 分类：遗传进化
