数据介绍：

来自谷歌翻译：

对癌症的免疫反应差异很大，特别是与错配修复缺陷（MMRd）的结直肠癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广泛的转录和空间重编程，这是 MMRd 和 MMRp 肿瘤的特征。

数据地址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE178341

数据下载与预处理代码：

这个数据是h5格式的，样本信息分开的，需要合并一下：

#数据下载
wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit.h5" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5

wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit%5Fcluster.csv.gz" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz

wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit%5Fmetatables.csv.gz" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz

#合并metadata信息
Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz --sep "," -b cellID sampleID -p metadata
#挑选肿瘤样本，你也可以不挑：
zcat metadata.tsv.gz|awk 'NR==1|| $2=="T"'|gzip - >metadata.T.tsv.gz

单细胞分析：

#读入数据并质控
 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --h5   GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5  \
   --project CRC_GSE178341  \
   --nUMI.min 500 \
   --nUMI.max 200000 \
   --nGene.min 250 \
   --mito.gene.pattern "^MT.*-" \
   --percent_mito 50 \
   --log10GenesPerUMI 0.7 \
   -o 01.qc -p GSE178341  --metadata metadata.T.tsv.gz

 Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/GSE178341.afterQC.rds  \
  -p GSE178341  --resolution 0.5  -d 30 -o 02.cluster \
   --high.variable.genes 2000

结果展示：

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