执行降维分析的函数,umpa的时候报错
brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30)
报错信息如下:
Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function '...
brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30)
执行降维分析的函数,umpa的时候报错
报错信息如下:
Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :
function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix'
如何解决?,主要是因为Matrix和irlba的依赖问题,可以通过重装一下后者解决
install.packages("irlba", type = "source")
安装以后重新启动R执行umap代码就可以不需要library,一般来说matrix都有,如果irlba重装了还是没用,就Matrix也重装一下,这个包可以借助devtools装
