用seqtk随机提取指定数目的序列

如果数据测多了,我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。

如果数据测多了,我们可以对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。

首先我们可以使用一条指令去计算总base数,看一下大概需要缩减的比例:

zcat input.fastq.gz|paste - - - - | cut -f 4 | fold -w 1 | wc -l

由于reads的长度一般是固定的,一般是150bp,可以一下计算在指定数据量情况下,需要保留多少条reads,然后就可以用seqtk工具去进行截取了:

seqtk sample -s100  input.fastq.gz reads数(如:1500) 或者 需要保留的数据比例(如:0.5)

其中-s是用于指定随机种子,当为PE数据时,随机数种子要相同,确保fastq的ID对应.

  • 发表于 2024-08-27 17:43
  • 阅读 ( 166 )
  • 分类:linux

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