10X Visium空间转录组图像
空间转录组分析正在重新定义我们如何看待生物科学。与传统的单细胞转录组分析相比，它不仅能告诉我们哪些基因正在表达，还能告诉我们这些基因在组织或样本中的具体位置，为生命科学的研究提供了一个更全局、更立体的视角。本文将详细介绍基于10x Genomics测序平台及其软件工具Space Ranger的各种图片类型及参数，让你在科研路上更加得心应手！
Space Ranger允许用户在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和新鲜冷冻组织中进行全转录组映射。它可以接受用苏木精和伊红（H&E）染色的明场图像、单/多灰度荧光通道图像，及由外部程序（如ImageJ/Fiji或Photoshop）组合和着色的荧光通道图像所制成的彩色图像作为输入。
Space Ranger的分析流程中有四种图像的参数，具体条件如下：
明场图像：--image
典型的明场图像是一种透射图像，从下方用白光照明，并从上方成像。样本中组织和细胞所在的密集区域会减弱透射光，从而产生一幅具有明亮背景和深色或有色前景的图像。
彩色荧光图像：--colorizedimage
Visium的荧光图像protocol 中展示的是免疫荧光图像，信号由与感兴趣蛋白结合的荧光染料标记的抗体生成。
不同通道的灰度荧光图像：--darkimage
荧光图像通道1
荧光图像通道2
荧光图像通道3
CytAssist捕获的图像：--cytaimage
6.5 mm Capture Area
11 mm Capture Area
了解完Space Ranger支持的图片类型后，让我们来看一下合格的图片具体有哪些要求吧。
图像尺寸的要求：
Space Ranger根据不同的载玻片型号对图像有不同的最小尺寸要求。为了确保Space Ranger在一系列输入分辨率上的图像处理性能均匀，输入图像会根据拍摄组织切片的载玻片版本进行下采样。（需要注意的是，在Space Ranger内部进行的任何下采样都不会影响在Loupe Browser中的可视化，后者总是使用全分辨率的输入图像。）
图像位置的要求：
如果来自具有6.5 mm捕获区域（V1或V2）的Visium载玻片的输入图像在捕获区域的左侧或右侧有大量的空白，或者图像包括位于待分析区域上方或下方的捕获区域的一部分，为了容纳额外的空白，输入图像中的捕获区域可能会被过度下采样。如果这类图像的基准定位或组织检测结果不符合预期，10x建议裁剪图像以去除基准边界之外的多余图像区域。过高或过宽的图像可以使用如ImageJ/Fiji等免费工具轻松裁剪。
错误示范：
太宽：
太长：
正确示范：
注意：
提供给Space Ranger的图像必须仅包含来自Visium基因表达载玻片的一个捕获区域。通过在spaceranger count流程中使用--area参数，可以明确指定提供图像的确切捕获区域。
错误示范：
正确示范：
此外，有些条件会影响图片自动配准的效果，比如显微镜图像中的组织比CytAssist图像中的组织多、具有对称性（例如，圆形切片）且没有明显形态特征的组织切片、图像过度曝光等情况下，可以尝试使用Loupe Browser中的手动处理后使用每种组织/仪器类型特异的Manual Alignment流程进行分析哦。
- 发表于 2024-09-19 13:20
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- 分类：转录组
