circos改变某两条染色体之间的距离
circos改变某两条染色体之间的距离
circos提供了一个圆形的整体布局，用于展示染色体的数据，每条染色体可以看做圆上的一段弧。通过染色体到圆心的距离来定义染色体的位置。具体的就是通过radius参数进行定义。
在circos中，关于这个参数的值，提供了两种定义的方式；
绝对值定义
绝对值的是通过像素定义，对应的后缀为p,代表pixels。比如radius = 1000p
相对值定义
相对值对应的后缀为r,代表relative的意思。在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius
radius of inscribed circle in image
radius = 1500p
所以我们在配置文件中定义的radius = 0.80r， 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。
染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义，default参数设置所有染色体之间的默认距离。
如果你希望改变某两条染色体之间的距离，可以通过pairwise这个block, 用法如下：
<ideogram> #染色体绘制设置
fill=yes #是否填充颜色
label_font=default
label_parallel=yes
label_radius=dims(image,radius)-60p
label_size=45
radius=0.95r #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围
show_label=yes
<spacing>
default=0.005r
<pairwise chr01;chr12>
spacing= 10r
</pairwise>
</spacing>
stroke_color=dgrey
stroke_thickness=2p
thickness=0.03r
</ideogram>
通过染色体的ID 指定具体的两条染色体，之间用;分隔，然后通过spacing参数进行定义它们之间的距离。
需要注意的是，这里采用的相对值的定义方法，上面例子中的 20r代表的是相对default是20倍的距离，所以使用相对值时，一定要理解相对的参照是哪一个。
- 发表于 2024-09-23 15:15
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- 分类：软件工具
