HiC-Pro 报错检索解决
报错：
运行HiC-Pro的时候出现报错：
去看log文件发现：
只能知道是在比对的step1就出现了问题。
问题查找：
此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件，看一...
报错：
运行HiC-Pro的时候出现报错：
去看log文件发现：
只能知道是在比对的step1就出现了问题。
问题查找：
此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件，看一下第一步是什么：
HiC-Pro_3.1.0/scripts/Makefile
发现第一步运行的是这个脚本：
到这个sh文件里面去查看，发现报错是由于config文件里面的BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS变量缺失：
我们去检查config-hicpro.txt里面BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS所在的行是否存在行首空格、等号后面没有内容等情况
总结：
HiC-Pro运行出现问题的时候可以先去看提示报错的log文件，如果log文件没有更加详细的信息，可以去Makefile文件里面找一下具体出问题的步骤脚本，找到问题所在
- 发表于 2024-10-28 15:12
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- 分类：软件工具
